Legismertebb műve a Dűne (Dune), amely nemcsak a műfaj, hanem az egész világirodalom klasszikusává vált. A regény a sivatagos Arrakis bolygón játszódik, ahol politika, vallás, ökológia és hatalmi harcok fonódnak össze. A Dűne több folytatást is kapott, és később fia, Brian Herbert folytatta a sorozatot társszerzőként. A regényből több film- és sorozatadaptáció készült, legutóbb Denis Villeneuve látványos rendezésében, amely újra felkeltette a közönség érdeklődését.

Herbert írásait mély filozófiai tartalom, világépítő részletesség és erős társadalomkritika jellemzi. Műveiben nem csupán a kaland és a jövő víziója ragadja meg az olvasót, hanem az a kérdés is, hogyan formálja a környezet és a hatalom az emberiség sorsát.